沖博士和沖五郎乘坐深海调查船《黑潮号》对日本海沟进行调查时，因为神秘组织的介入两人神秘失踪。事前他们秘密建造了超级潜艇99号，并将之托付给次男冲进。重视此事的日本政府从海上自卫队员中征集成员，利用99号去神秘组织的潜水舰队进行战斗的故事
        CAST：
        沖 進 ： 福山潤
        沖 五郎： 水島裕
        沖 重造：長克巳
        大山 築： 森川智之
        森木 深雪：堀江美都子
        田貫 虎吉：中博史
        海洋帝国
        Hell · Deathbard: 沢木郁也
        Z · Straight: 井上喜久子
        Ze · Stronestro: 成田剑
        Ze Stroger: 雪野五月
        Zei Stron: 成濑诚
        STAFF
        原作・总设定・监修 - 松本零士「潜水艦スーパー99」
        监督 又野弘道
        系列构成・脚本 - 藤川桂介
        角色设计・总作画监督 - 嶋津郁雄
        机械设计 - 板橋克己、原田吉朗
        美术监督 - 土橋誠
        色彩设定 - 吉田晴絵
        摄影监督 - 久保和之
        音响监督 - 早瀬博雪
        音乐 - 溝淵新一郎
        制片 土橋哲也、岡川晃基
        动画制作 - ベガエンタテイメント
        制作 - AT-X、テレビ東京、ポニーキャニオンエンタープライズ、ムービーテレビジョン、円谷映像、ベガエンタテイメント