銀座4丁目で旧日本軍の特殊部隊｢透明人間特攻隊｣の生き残りの轢死体が遺書と共に発見された。遺書の描写から、透明人間の生き残りが少なくとももう1人いることが判明する。するとしばらくして、｢透明人間｣と名乗るギャング集団による強盗事件が次々と発生した。一方、キャバレー「黒船」でサンドウィッチマンのピエロとして働く南條は同じアパートに住む盲目の少女まりに『金髪のジェニー』のオルゴールを買う約束をしていた。最初の自殺に遭遇して以来、透明人間の調査を進めていた新聞記者の小松は、襲撃された宝石店を訪れていた南條に目を付ける。そして南條の部屋に乗り込んだ小松は、そこで驚くべき光景を目にする。南條が常にピエロの格好をしている理由―それは彼こそがもう一人の透明人間だからであった。南條は小松と共に、自分の名誉を汚し、まりの祖父を利用した挙句殺害したギャング集団の正体を突き止めることを誓った。だが2人の調査の結果、ギャング事件の黒幕は「黒船」の中にいることが判明する。