東京・江東区の公園のボート乗り場で、若い女性の絞殺死体が見つかった。遺留品は見当たらず、身元は不明。着衣の乱れや暴行の形跡はなく、遺体を人目につきやすい場所に遺棄していることから冷静沈着な犯人による計画的犯行がうかがえた。現場に駆け付けた城東中央署刑事・葛木邦彦（時任三郎）は、遺体が靴を履いておらず裸足だったことが気にかかる。
        翌朝、警視庁捜査一課の13係が出張ってきて第一回捜査会議が開かれた。13係は山岡宗男（佐野史郎）率いる優秀なチームだが、所轄刑事を消耗品のように扱う傍若無人ぶりで帳場の壊し屋ともいわれていた。しかし、葛木が驚いたのは会議に現れた管理官だった。まだ学生に見えなくもない若き指揮官こそ、葛木のひとり息子、俊史（田中圭）だったのだ！
        葛木はかつて捜査一課のやり手だったが、2年前に妻が突然他界。その喪失感から、現在の所轄に異動したのだった。仕事にかまけて妻に家庭を任せていたため、なぜ俊史がキャリアを目指したのかもわからなかった。そしてもちろん管理官としてこの事件を担当することなどひと言も聞いていなかった。自らを取り巻く複雑な状況に、「とびきり厄介なヤマになりそうだ」と感じる葛木…。
        その悪い予感はすぐに的中した。13係による恫喝まがいの聞き込みのせいで、地域住民から苦情が殺到したのだ。13係の刑事たちの威圧的な態度には、城東中央署の刑事からも不満が噴出する。
        その後、捜査は一向に進展せず、唯一の収穫といえば、鑑識から「微細な金属の粒子が現場から採取された」との報告があったことだけ。しかし、犯人に結びつくものとは断定できなかった。
        思うような成果を得られず時間だけが過ぎていく中、予期せぬ方向に事態が動き出した。江東マリーナに係留中のクルーザーのデッキ上で女性の絞殺死体が見つかったのだ。被害者は若い女性で、暴行の形跡は見当たらなかった。しかも、遺体はまたもや素足だった――！
        葛木には、2つの現場が水辺というのは偶然の一致と思えなかった。犯人は、都心の盲点ともいえる運河を舟で渡り、犯行現場から遺体を運んだのではないか…!? そして被害者が靴を履いていないのは、犯人からのメッセージなのか…!?　事件はますます混迷の度合いを深めていき…!?