諸橋（稲垣吾郎）と椿（吹石一恵）は新婚旅行を装い大宅島に向かう客船に乗っていた。諸橋は船員に船酔いを訴え、島に着いたら診療所へ案内して欲しいと同船した珠代（三倉佳奈）に依頼する。そんな中、珠代の実父、辰雄（大河内浩）が腹部の痛みを訴える。急遽、医師免許を持つ諸橋が船内の救護室で手術をすることに。手術に十分な環境が整っていないにもかかわらず諸橋は椿の助けを得ながら見事なメスさばきを見せ手術を成功させる。
        大宅島の診療所に辰雄らと共に向かうと診療所の医師、岩田紀子（野波麻帆）に出会う。紀子は東京の有名産婦人科病院、愛聖病院で働いていたという。実は諸橋と椿は愛聖病院で起きたと思われる医療ミスの真相を探るために大宅島診療所に潜入したのだった。
        愛聖病院では、医師の麻生友樹（石黒賢）が妊婦、伊坂ゆり子の帝王切開手術を行った際、ゆり子が心臓マヒをおこし胎児もろとも亡くなった。残された夫は医療ミスを疑ったが、カルテ上に問題はなかった。真相は闇の中に…・
        諸橋は、手術に関わっていた岩田紀子（野波麻帆）、看護師の伊藤恵（入山法子）の足取りを追い、二人が大宅島の診療所で働いていることを突き止め、捜査のため島までやってきたのだった。諸橋らが医療ミスの真相に次第に近づき始めると、そこには国家規模の極秘プロジェクトがうごめいていた。ついには内閣府医療統括官、青木俊作（岩城滉一）の存在が見え隠れし始める。全貌が見えない巨大な敵に諸橋はいかにして立ち向かうのか。