ある年の春、黒い粉をはき出し、死んでしまうという謎の病気が発生した。監察医の飯守は、その病気で死んだと思われる患者の解剖をする。解剖をした監察医たちは驚いた。体内が真っ黒になっていたからだ。そこには巨大な黒色胞子があった。監察医たちは衛生研究所の岩倉に報告し、それが真菌であることが判明する。中々動かない厚労省も、多数の死者が出てしまった以上動かざるを得ない状況になっていた。厚労省は、手が黒くなると言うことから、その病気に「黒手病」と名付けた。国立感染症センターの三和島と岩倉、飯守が原因を究明する。そして行き着いたのが、滋賀県で起きた大地震で発見された石棺内の白骨体が、中国から黒手病の真菌を持ち帰ってしまった、と言うことである。そして、研究が進んだ結果、人から人への感染はないことと、「ニオイウキグサ」のさび病菌が原因であることが確認された。それを厚労省はすぐ発表をするのだが、それを利用した悪事を働く者も出始め、飯守の友人の、高校の同期で厚労省の石谷が自殺してしまう。