1994年毕业于清华大学经济系，在校期间曾担任校内刊物“双周刊”主编，大四那年又选修了李道明老师开授的“录像带制作”课，与班上同学一同拿起摄影机完成纪录片《博盛，这孩子》，体会到影像媒介的迷人之处与所能发挥的力量，因而让萧菊贞在文字之外又多了一种能说故事的工具：摄影机。而这部纪录片也为萧菊贞赢得第一座金穗奖肯定。
毕业后萧菊贞进入“新新闻周刊”担任一年半的专职记者，之后即展开自由撰述和影像创作生涯，曾以《阳光爱情》、《火鹤》等一系列记录身心障碍朋友的纪录片获得三届金穗奖肯定，并以《红叶传奇》和《银簪子》连续夺得两届金马奖最佳纪录片、台北电影奖、纪录片双年展台湾奖，并相继入围全球重要影展:阿姆斯特丹纪录片影展、山形影展、釜山影展、新加坡影展…等。
除了纪录片创作之外，萧菊贞对当代台湾电影环境亦有相当投入，尤其曾在中国时报长期以专栏撰述台湾电影相关议题、人物。她更于1999年与鸿鸿、魏德圣、郑文堂等导演一同创办“纯16影展”，首度将国内创作短片、纪录片带进电影院。后续并经常参与规划台北电影节、圆缺影展等国内重要电影活动。她的纪录片作品充满作者自身忧伤感性的笔触，对于纪录片和台湾电影相关政策亦有