1974年，根岸吉太郎从早稻田大学第一文学系演剧学专业毕业，随即进入了正在招募副导演的日活电影公司。当时，日本电影处于低迷期，日活正在走粉红情色路线。根岸吉太郎当了几年助理导演，跟随藤田敏八、曾根中生等前辈学习拍片。
1978年，根岸推出了自己的处女作《奥利安的杀机：情事的方程式》。这自然是一部充斥着情色场面的粉红电影，然而对根岸来说，情色只是正统剧情片中的一个元素而已，他努力在粉红路线的大前提下拍摄属于自己的电影。
1981年，日活开始恢复制作普通电影。就在这一年，根岸执导了根据同名小说改编的生活片《远雷》 ，凭借此片，根岸赢得了蓝丝带奖导演奖，艺术祭选奖新人奖。此后，根岸导演佳作连连，83年的《侦探物语》 、85年的《一片雪》、98年的《羁绊》都获得了很高的评价。
2005年，根岸的作品《向雪祈愿》一举在东京国际电影节上囊括最佳影片奖、导演奖、最佳男主角奖和观众奖四项大奖，将根岸的事业推向了高峰。07年，他与复出影坛的竹内结子所合作的影片《挎斗摩托车里的狗》也引来了各界的瞩目。
根岸目光敏锐、刻画人物手法细腻又深谙叙事技巧，是一位相当有口碑的导演。而且他并不裹足于电影界，还曾执导过舞台剧、