2285年，在与可汗的战役中破坏的联邦星舰进取号，前往了地球的太空港以停止维修。柯克还在为斯波克的死觉得悲痛。麦科伊大夫涌现了各种异样的行动：如私自突入被封闭的斯波克本来的舱房、胡言乱语等，最初他被送进了病院停止精力检讨。斯科提被另分配到了联邦星舰精进号。星际舰队批示部对新构成的创世星下达了禁入令。柯克原告知，进取号行将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告知他，斯波克的尸体必需前往瓦肯星，不然他的魂魄就不得安眠。沙瑞克请求柯克必需回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊停止了心灵融会，是以带有斯波克魂魄的麦科伊也必需前去瓦肯星。但是，星际舰队谢绝让陈腐的进取号分开太空港。从病院出来后听闻新闻的麦科伊，妄图招募一艘飞船回到创世星。在与人争持时他被拘捕，但这并没有影响到全部筹划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的赞助下麦科伊顺遂逃走，并一起登上了被放弃的进取号。为了防止被追击，斯科提还损坏了精进号的引擎。六名同伴冒着毁掉终生奇迹的危险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林贡人得悉了创世筹划和创世星的新闻。因为担忧联邦将其改革为一种旧式兵器，克鲁格船主带领一艘克林贡猛禽战舰，去牟取或捣毁这一计谋性的兵器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道长进行着迷信观察。他们很快便在空中上发明了性命情势，出于猎奇心的使令，他们俩传递上了星球外面并发明了斯波克空荡的遗棺。循着性命情势的读数，他们发明了少小斯波克的活体：生长速率奇快，但却没无意识或魂魄。克林贡人在此时也到达了创世星，他们捣毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。纷歧会，进取号也到达穆塔拉星区（Mutara Sector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡兵士进击到瘫痪。因为克林贡人威逼将夺去人质的性命，柯克应用了一个计策来从新掌控局面，但并未胜利。戴维·马库斯随后被克林贡人杀戮。因为没有其余的抉择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了从新占领优势，拼命一搏启动了进取号的自毁法式。进取号的海员随后传递上了创世星，目击着进取号在一片亮光中扑灭，同时也捎带上了克鲁格大部门的兵士。柯克终究与他的团队从克林贡人手中救援了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战役中杀死了他。因为创世星奇特的力气，斯波克的尸体得以更生，并跟着创世星朽迈的速率敏捷地生长。在分开不稳固的创世星时，斯波克恰好到达灭亡前的年纪。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开端了激烈的爆炸。在沙瑞克的卵翼下，猛禽舰到达了瓦肯星。在阅历了风险的“宝塔邦术”典礼后，斯波克的魂魄分开了麦科伊的认识回到了本身的身材中。典礼终究胜利，回生的斯波克开端从新回想他的曩昔与同伙。他问进取号的海员们，为何要冒着落空性命与毁掉奇迹的风险救援他；柯克告知他，有些时刻须要“就义大我，玉成小我”。