连续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史女士 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能分开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架陈旧的出事飞机停止维修正造，并胜利腾飞。当人人曾经开端庆贺终究能够回到纽约时，飞机却不测下降，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终究见到了它的怙恃。然则因为生涯习惯上太多纷歧样，并且言行举止各别，使得这群纽约来的植物们显得格格不入。这群往日纽约中心公园的植物明星们，在这田野艰苦的情况中应当怎样办？固然在这儿碰见了本身的同类，但由于习惯分歧，使得本身没法完整融入他们的群体。为了能融入情况，与同类们树立优越的关联，人人都是发挥各类招式，笑料百出。