马禾和佘蓓斯朵娃是一部在欧洲流行了20多年的动画片中的卡通人物，他们是小学生，象所有真实世界的小学生一样，需要每天去上学，但不同的是，他们有一只可以满足主人愿望的神奇话筒，这一次他们想见识一下真实的世界，于是在神奇话筒的帮助下，他们和小狗尧纳旦出人意料地从电视机里跑了出来，降临到雅占波和奶奶的家。从此开始了他们不同寻常的旅行。
        雅占波是一个捷克小男孩，他很想念远在中国工作的父母， 马禾与佘蓓斯朵娃通过神奇话筒轻而易举地帮他实现了亲自到中国与父母见面的心愿。在中国，几个孩子不仅见到了雅古波的父母，还游览了古典与现代气息融合的北京。在北京，他们认识了王霖——一个会丁点儿拳脚工夫却时刻准备除暴安良、大显身手的中国男孩。雅古波买了一个中国古代判官钟馗的玩偶，要作为礼物送给奶奶。而一心想见识会说话小狗尧纳坦的小霖则和马禾他们一起通过神奇话筒从K城直奔远在欧洲的捷克。
        无论谁拥有话筒，谁就拥有支配话筒、实现愿望的魔法。接下来，精灵古怪的事情接连不断地发生。先是佘蓓斯朵娃因为想看到女王王冠上真正的金子，于是把这位正在庆典活动上的一国之君变到奶奶的房间里来；课堂上马禾想让同学们见识真正的原始猎人，于是一个毛发丛生、一心要猎捕猛犸象的尼安得特尔人突然出现在教室里……
        与此同时，学校里调皮捣蛋头子路得维克发现了神奇话筒的秘密。他带领另外两个从动画世界跑出来的坏小孩儿——帕周特和赫拉契克，想尽各种方法抢来了话筒，为己所用。话筒到了他们手中，让人头疼的事情层出不穷。路得维克有了神奇话筒，开始为所欲为地实施他所喜欢的各种恶作剧。而小霖在关键时刻让话筒把玩偶钟馗变成真人，希望他能够帮助自己和朋友们夺回话筒。
        在雅古波、小霖、马禾和佘蓓斯朵娃想尽办法要尽快夺回话筒的同时，他们与奶奶、女王和钟馗也开始了趣味十足的集体生活。钟馗——这个蓬发虬髯手持宝剑的判官，不仅尽职尽责维护正义，还做得一手好菜，并且还着手教奶奶和女工学做中国菜；而常年深居于宫、没有任何民间生活体验的女工也陶醉在冒险刺激的生活中。 　　路得维克霸占着话筒，依靠话筒的魔力对抗任何阻止他实现欲望的人。他把雅古波变成一个老头儿，把小霖变进动画片，把校长变成了长着头的地毯，他最后还决定将学校彻底消失，从此不用去上学。话筒制造出的混乱就象雪球一样越滚越大，局面几乎进入不能控制的境地。学校里忧心忡忡的学生教员、维护秩序的警察部队、前来寻找女王的侦探、从中国赶来的小霖父母，所有的人都在恐慌中等待事情的解决。
        最终，英勇的钟馗救出学校里所有的学生，聪明的小狗尧纳且偷回了神奇话筒；有了话筒，一切变形逐步恢复了原来的模样， 而骚乱也渐渐平息下来。 　　孩子们都没有想到神奇话筒会带来这么大的麻烦，幸好一切都结束了；历来胆小的奶奶则终于把悬在半空中的心放下一些； 而女王则认为这样充满奇迹的生活才叫过瘾，并且决定去动画世界里继续度假。
        雅古波、小霖、钟馗、奶奶他们在这次奇遇中建立了深厚的感情，发现每个人在生活中最有趣的性格，更重要的是，他们在一起经历了不曾有过的神奇故事，这又是神奇话筒旅行中精彩的一笔。
        幕后： 　　《神奇话筒》是一部风格独特的科幻大片，该片由北京紫禁城影业公司、北京电视剧艺术中心联合欧洲动画片王国捷克共同拍摄，以《北京人在纽约》和《刮痧》等影视作品著称的名导郑晓龙担任总策划，有“欧洲童话大王”之称的捷克电影大师沃里契夫执导。影片取材于在欧洲大陆流行了二十多年的动画片《马禾和斯蓓丝朵娃》，由真人和动画相结合，和《小鬼当家》、《千与千寻》、《E.T.》等片相似，这也是一部以奇幻的儿童世界为描写对象、却同时赢得成人喝彩的电影佳作。 　　值得一提的是，影片编剧马托莱克在完成剧本后身患绝症，他在病榻上表示：此生最后一部作品如果能给世界上最多观众的中国人民带来笑声是他一生的慰藉。