2001年10月22日，身为普通高中屋子里是春天的湿气，窗子外铺着阳光，屋子里是春天的湿气，窗子外铺着阳光阳光是七种色彩，红橙黄绿……但它看起来就只是白的，阳光是七种色彩，红橙黄绿……但它看起来就只是白的大家，你喜欢红色，我喜欢蓝色，她喜欢绿色。生的男主角・白银武一觉醒来，发现自己进入了一个平行世界。在这个平行世界里，地球人数十年来都与带有敌意的外星生命体“BETA”苦战着；而他就置身于因此而荒废的柊町（主角家乡，位于日本横滨）。在这个一切都改变了的世界重新出发的武加入了联合国军，并参与了对抗BETA的最后手段，拯救人类的“ALTERNATIVE4”计划。为此他成为联合国军卫士（巨大人型兵器“战术机”的驾驶员）并和伙伴们一起努力。但到了12月24日，人类放弃了最后的奋斗而启动了放弃地球的“ALTERNATIVE5”计划。（到此为止是前作“Muv-Luv”UNLIMITED篇的剧情）而在此三年后，睡醒时发现再次置身于自家卧室的武，以为自己已经回到“原黑子用干树枝和黄纸就着米饭糊好了这歪歪扭扭的风筝，一手拉着小葵，就这么撒开丫子跑，黑子用干树枝和黄纸就着米饭糊好了这歪歪扭扭的风筝，一手拉着小葵，就这么撒开丫子跑――小哥哥，快看啊，飞起来了！真的能飞！――那当然啦。来的世界”，然而户外的景象却和三年前相同。日历上的日期是2001年10月22日。武发现自己经过时间跳跃又一次来到了充满战乱的平行世界，而在此，他决定以唯一知道这个世界的未来的人类的身分，为了完成“ALTERNATIVE4”计划而再次敲开联合国军横滨基地的大门。再次被编入207实验部队的武，带因为才两个教室，所以只教到4年级的课程，因他有时候也用逐渐长大的想法希望一直这样平淡的幸福，他有时候也用逐渐长大的想法希望一直这样平淡的幸福但是后来发生的事却让黑子彻底的颠覆了这种想法。为才两个教室，所以只教到4年级的课程学堂开设语文和算术两门课，学堂开设语文和算术两门课一共也才两个教师。着3年之间的军事经验和未来的记忆，以及不输给伙伴们的觉悟，再次迎向挑战。时间只剩下两个月左右。究竟武是否能达到目的，人类又是否能战胜BETA呢…